Le CNIEL est géré par un Conseil d’Administration et une Assemblée Générale composés de représentants des trois fédérations adhérentes : FNPL, FNCL, FNIL.
La collaboration interprofessionnelle est au coeur de son organisation :
- la présidence change tous les trois ans et revient au président en exercice de l’une des trois fédérations,
- chaque collège dispose d’une voix,
- les décisions doivent être prises à l’unanimité,
- les ressources proviennent d’une cotisation basée sur le lait collecté et acquittée par les producteurs et les transformateurs.
