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Le programme de recherche Food Microbiomes : au cœur des fromages

Une plongée inédite dans la flore de nos fromages !

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Assortiment-de-fromagesUne plongée inédite dans la flore de nos fromages !

Le fromage, un produit fermenté

Le projet ANR Food Microbiomes, aujourd’hui terminé, a été initié et soutenu par le CNIEL. Son objectif : explorer la biodiversité des espèces microbiennes qui peuplent les produits laitiers fermentés, tels les fromages. Ces derniers sont en effet des produits issus d’une fermentation, comme beaucoup d’autres aliments et boissons (yaourts, salaisons, choucroute, vin, bière, cidre, levain naturel de la boulangerie traditionnelle…).

Cette fermentation est liée à l’action sur la matière première de microorganismes (bactéries lactiques, moisissures, levures) provenant de l’environnement du site de production, ou bien directement inoculés par les producteurs (souvenez-vous des Penicillium roqueforti et Penicillium glaucum des fromages bleus). Or, si l’être humain apprécie depuis longtemps le goût issu du travail des microorganismes pendant l’affinage, les scientifiques ne connaissaient pas encore leur ADN grâce aux techniques modernes de séquençage. C’est désormais chose faite !

Une méthode d’analyse innovante

Le projet Food Microbiomes a en effet réuni pendant trois ans, sous l’égide du CNIEL, le Muséum national d’histoire naturelle (MNHN) de Paris, l’INRA (Institut National de la Recherche Agronomique), l’Université de Bretagne Occidentale (UBO) et des industriels de la filière. Ce programme a abouti à une méthodologie innovante pour étudier la microflore des fromages : la métagénomique. Beaucoup moins longue, coûteuse et fastidieuse que la technique traditionnelle, celle-ci permet d’identifier les nombreuses communautés microbiennes présentes dans les fromages grâce au séquençage à haut débit de l’ADN d’un échantillon, en une seule analyse.

Des découvertes prometteuses

Une quarantaine de fromages fournis par les transformateurs et les syndicats d’AOP ont ainsi été étudiés. Plusieurs applications sont possibles pour l’industrie : comprendre comment la qualité d’un fromage se construit, assurer l’innocuité des produits… « Dans le futur, cette technique devrait permettre de contrôler la qualité d’un produit fermenté en sortie de ligne, de suivre l’évolution des microorganismes au cours de la conservation ou de l’affinage des fromages, explique Choreh Farrokh, responsable du service sécurité sanitaire. La métagénomique permet aussi d’étudier la composition fine des microorganismes présents dans les fromages de terroir, dont la flore est souvent mal connue. » Étape suivante : se consacrer au transfert de l’outil métagénomique vers les professionnels.

Crédit photo : V. RIBAUT / Les Studios Associés / CNIEL. 

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